Der junge Magier Negi Springfield hat gerade seinen Magier-Abschluss gemacht. Zur Weiterbildung muss Negi danach einen Job an einer Mädchen Junior High School annehmen. Da er seinen Schülerinnen gerade mal bis zur Brust reicht, wird er bald zum Opfer ihrer Spötteleien. Eines Tages entdeckt die Schülerin Kagurazaka sein magisches Geheimnis - und zwischen beiden entsteht eine eigenartige Freundschaft.
Damit Negi ein richtiger Lehrer werden kann, darf seine Klasse bei den nächsten Klausuren nicht wieder die schlechtesten Noten haben. Um das zu schaffen, macht er sich zusammen mit einer bunt gemischten Gruppe auf die Suche nach einem magischen Buch, das in der riesigen Schulbibliothek versteckt sein soll...